入猫体内的病毒会在咽喉后部（咽喉和喉部）繁殖，并在感染后3至4天内引起短暂的病毒血症。在被病毒感染的上皮细胞中发生坏死，并且舌边缘的囊泡通常发展成溃疡。

如果猫的免疫系统是正常的，它会在2至3周内愈合，它将成为携带病毒的载体，但没有任何症状。据认为，病毒潜伏在扁桃体的上皮细胞中，但腺体的去除并不能消除体内的病毒，因此它很可能在其他组织中潜伏。

一、由于菌株减弱导致的早期症状

不会引起严重症状的减毒病毒的潜伏期为2至10天。最初的症状会有所不同，具体取决于病毒的菌株和共病的存在与否，但最常见的症状是：

舌头溃疡，口腔炎，流涎（流口水），打喷嚏，流鼻涕，发热，食欲不振。

口腔炎和口腔溃疡（喉咙发炎）可能被认为是免疫介导的，但尚无明确的机制。舌头溃疡的特征是边界清晰。

口腔疼痛会引起口腔内大量分泌物，并可从口腔末端滴落。

二、由强毒株引起的全身症状

由强毒株引起的全身症状是由称为毒性全身性猫科动物杯状病毒（VS-FCV）的高毒性菌株引起的严重症状。虽然主要在美国和欧洲报道。以前的名字是“出血样的发烧”，类似于20世纪80年代中期出现的兔出血症，但不知道这些病毒是否相关。　由毒力系统性毒株引起的常见症状是：它有些波动取决于猫的生长环境，病毒的毒力和宿主的免疫反应。

三、由强毒株引起的全身症状：

1、发烧没有对抗生素有反应

2、水肿（头和脚尖）

3、口腔溃疡（舌头|粘膜皮肤交界处）

4、皮肤溃疡（耳廓|肉丸|鼻子部分|下肢眼球部位）

5、黄疸伴有肝细胞坏死和胰腺炎

6、呼吸困难与肺水肿

7、DIC伴随点状出血、斑状出血、鼻出血、血便

8、多器官衰竭

9、死亡（高达67％）

医院内的潜伏期为1~5天，在家庭内不知为何会延长到12天。另外，急性病毒感染后24小时之内会出现症状。与小猫相比，成猫更容易重症，卷入血管炎和多脏器官衰竭，患猫33-50%会导致死亡。